周興死后，武皇并未立即誅殺來俊臣。來俊臣對武皇素來死心塌地，在她登上皇位的過程中建功殊勛。倘若倉促將他除掉，必然會使朝中親信受到驚嚇。另外，來俊臣正處于文昌左相武承嗣的卵翼之下，受到他的護佑，即便武皇有心將他除滅，亦非易事。繼承人的選擇是在武皇政治生涯中困擾她多年的事情。在稱帝之初，武家子孫武承嗣、武三思就上下活動，請求武皇立自己皇位繼承人。天授二年(691年)九月，在武皇的侄子魏王武承嗣的授意下，鳳閣舍人張嘉福指使王慶之率數百人上表，請立武承嗣為太子。武皇不許，王慶之以死泣請。武皇給印紙一張作出人證，讓他走開，以后王慶之多次求見專言此事。武皇震怒，命鳳閣侍郎李昭德賜杖。李昭德引王慶之出光順門，立即杖殺，余黨散去。之后，李昭德、狄仁杰都勸武皇立親子為太子，無人再敢為武承嗣等求乞。 武皇聽取了狄仁杰的諫議，嚴禁羅織之風，責令即日清理舊獄，平反了大量冤案，從酷吏手中救下八百多位將死之人。朝廷的政治空氣一下讓人有了沁人肺腑之感，而不是先前的令人窒息了。 有人誣告李旦謀反，李旦的下人自剖其胸，以證李旦既無反實，又無反意。武皇深受感動，并深深遣責了自己的輕信。武承嗣等五千余人上表，請武皇加尊號為“金輪神圣皇帝”，武皇在萬象神宮接受了這個尊號。 武皇令婁師德做營田大使，力促搞好邊境營田。