1482年﹝成宗13年﹞，內(nèi)禁衛(wèi)軍官徐天壽奉命賜毒藥予廢后尹氏﹝燕山君生母﹞。回家途中，不幸跌落山谷，幸得道士相救。道士預(yù)言天壽一生可悲，命運由三個女人支配，最終會被第三個女人所殺。此后十四年，燕山君繼位，天壽辭去內(nèi)禁衛(wèi)軍官之職，希望避開厄運；未料在溪邊遇到一位垂死姑娘﹝樸明伊﹞，天壽知道這位姑娘就是當(dāng)天道士提及的第二個女人。宿命安排，兩人結(jié)為連理，生下一女，名為長今。從此天壽帶著妻女歸隱為賤民。可惜命途多舛，1504年發(fā)生甲子士禍，燕山君下令搜捕當(dāng)年參與殺母的所有人，天壽一家三口最終被迫分離。小長今失去父母，無處可去，幸得宮廷熟手姜德久夫婦收留。長今按照母親遺言，順利入宮當(dāng)御膳房小宮女。長今與常人不同，她個性好奇，讀書用心，愛幫助別人，亦經(jīng)常犯錯；她的常識較一般人豐富，對味覺更獨特敏銳。御膳房各人對長今另眼相看，特別是韓尚宮，對她更為愛惜。在爭取御膳房最高尚宮競賽的那天，韓尚宮被崔判述及崔尚宮設(shè)下的奸計，延誤回宮的時間，長今只好代替韓尚宮跟崔尚宮比賽。中宗被長今做菜的真誠感動不已。韓尚宮終于當(dāng)上御膳房的最高尚宮。長今得知韓尚宮是母親當(dāng)內(nèi)人時的好友，百感交集，兩人相認后，難掩興奮與悲傷的雙重情緒，相擁而泣，關(guān)系更密切。崔尚宮不甘心在競賽中落敗，她處處打擊韓尚宮。多病的中宗洗過溫泉浴后，無故昏迷，崔判述和崔尚宮靈機一觸，誣告是因吃下韓尚宮泡制的硫磺鴨子所致，結(jié)果韓尚宮和長今被判定為逆黨，被流放到濟州島為官婢，韓尚宮更不幸在途中逝世。在濟州島做官婢的長今，認識了一位名為張德的首醫(yī)女，并且跟隨她學(xué)醫(yī)。之后長今參加朝廷醫(yī)女訓(xùn)練，以醫(yī)女身分進入內(nèi)醫(yī)院，再次入宮。可惜崔尚宮并未放棄陷害長今的機會，她千方百計要把她趕出宮，可惜事與愿違。長今終于查清昔日中宗昏迷的真正原因，她大著膽子向中宗請求，為已去世的韓尚宮翻案，亦替被行私刑的母親洗脫冤情。長今在宮中用心鉆研醫(yī)術(shù)，刻苦尋找治療各種疾病的處方；期間，她治好久醫(yī)不愈的王后娘娘、亦成功勸勉不肯就醫(yī)的王太后，慶原大君染上痘瘡，性命危在旦夕，長今細心找出治療的方法。內(nèi)醫(yī)院的醫(yī)官及醫(yī)女，漸漸拋開成見，接受長今的醫(yī)術(shù)地位。最后長今憑個人的努力、精湛的醫(yī)術(shù)、無限的愛心，無私的關(guān)懷，成為朝鮮第一個女御醫(yī)，更被中宗命名為“大長今”，封為正三品堂上官……