清光緒年間， 香河縣知縣杜東陽從京城回縣的途中被一伙神秘的蒙面人攔截暗殺。剛剛親政的光緒聞訊大怒，欲派人前往香河縣查辦此案，西太后欲命自己的御廚牛不耕接任知縣，光緒反對，要派民間神廚石竹香。于是二人各派一廚子去上任，分單雙日坐堂審案。石竹香原來也是進士出身，因為不肯賄賂吏部所以一直沒有給他放官，只得在京城靠當廚子為生而且做出了名堂。他領旨后與皇上身邊的貼身太監小寇子一道來到香河縣，不料新官上任，便被當地惡勢力所欺辱。牛不耕因曾在皇宮里給西太后當過御廚，深得老佛爺賞識，所以他當官更是有恃無恐，無惡不作，以"有償辦案"為名，公然索要錢財。石竹香一次次地壞了他的好事兒，于是他處處與石竹香作對，更不服石竹香的神廚烹飪之術，幾次與之斗菜比藝，卻是屢屢敗陣。石竹香的夫人本來想把丈夫當官的喜訊告訴父親，不料回到家時才得知父親已經故去，留下絕命書—除非"石頭做了米、廚子做了吏，"才認石竹香這個女婿。原來石竹香是靠了自己高超的烹飪手藝把美麗聰明的穆小卉騙到自己手中來的，結果引起穆員外的仇恨。小卉有一大弱點——貪嘴愛吃，正因為這一點，才與被父親所鄙視的石竹香走到了一起。因父親去世，小卉十分難過，更是要石竹香好好當官，以告慰父親的在天之靈。每當石竹香不好好當官時，小卉便以要"休"他為由逼他就范。榮祿的女兒蓉秀與英國公爵之女蘇姍娜一同來到香河縣，投石竹香為師，學習烹飪。不想蘇姍娜因貪吃而漸漸對石竹香有了信賴，并暗暗喜歡上了他。小卉見狀，知道那蘇姍娜正像當年自己被石竹香所誘惑一樣，馬上警告蘇姍娜，并勸走了蘇姍娜，同時又做紅娘，把對自己依然有威脅的蓉秀格格嫁給了石竹香的叔伯兄弟石黃巖。石竹香不畏牛不耕一伙的惡勢力，用烹飪之術治理一縣，結果歪打正著，接連破獲了一起又一起大大小小的案件，（有"爭牛案"、"互換家產案"、"酒樓食物中毒案"、"惡和尚火化案"、"石家祖傳玉餐具案"等等，）終于破獲了馬知縣被殺一案的真相—原來是榮祿為了讓光緒皇上斷子絕孫，賣通太醫馬院判下藥，而馬院判將榮祿的陰謀記在了給皇上診病用的"脈案"之中。石竹香找到這本《脈案》，終使真相大白，不想"脈案"卻被康有為的維新派所利用，以此來促使光緒與西太后的絕裂，并欲刺殺太后，反使西太后以鎮壓變法為名將光緒軟禁起來而自己再次垂簾聽政。在查馬知縣被殺一案時，石竹香發現原來"真兇"是穆小卉的干哥哥后來當上縣衙巡檢的傅天仇，此人是穆員外的干兒子。其實傅天仇心中一直暗戀著穆小卉，直到他為穆小卉和石竹香去死時，才道出了深埋在心底的對小卉的感情…… 石竹香細查之下，發現原來那馬知縣根本沒有被傅天仇殺死，而是天仇為了保護自己的恩人馬知縣，偽造了一個刺殺的假現場。最后二人被榮祿派來的殺手所殺，那本大家都在尋找的皇上的《脈案》落在了石竹香手里。石竹香斷明馬東陽被殺一案之后，被榮祿及牛不耕所陷害，因一道菜名有反清復明之意而被捕入獄，一直跟隨他的太監小寇子挺身而出，把罪名攬到自己的身上，被推到了菜市口斬首。而一直幫助石竹香的貴族格格蓉秀因為不滿其兄榮祿的專制，已經毅然嫁給了康有為的弟子、石竹香的堂弟石黃巖。變法失敗后，黃巖被流放寧古塔，蓉秀執意追隨而去，感天動地。石竹香辭官不做欲回鄉，可牛不耕不服石竹香，強逼他與自己斗菜—烹飪河豚并吃河豚，以生死賭輸贏。石竹香與牛不耕同時吃下了各自所燒的河豚，結果牛不耕端起石頭砸了自己的腳，石竹香帶夫人小卉前往故鄉香河而去……